Der Ursprung des Schlosses geht auf das 12. Jahrhundert zurück. Nach vielfacher Zerstörung und jeweils notdürftigem Wiederaufbau erfolgte 1721 der Umbau der Burganlage zu einem Barockschloss. Das zweigeschossige Herrenhaus mit den flankierenden Türmen orientierte sich weitgehend am Stil der Vorgängerbauten, zusätzlich entstand eine dreiflügelige Vorburg. Seit 1188 war das Amt des kurkölnischen Erbmarschalls mit dem Schloss Alfter verbunden. 1445 kam die Anlage in den Besitz der Altgrafen und späteren Fürsten zu Salm-Reifferscheidt-Dyck.

Bis 2009 beherbergte das Schloss den Fachbereich Architektur der überregional bekannten Alanus-Hochschule für Kunst und Gesellschaft, der mittlerweile auf Campus II der Hochschule an der Bonn-Brühler-Straße untergebracht ist.